Szczegółowy program zajęć "Praca w systemie Unix z elementami programowania"

  • Podstawy pracy w terminalu tekstowym

    • Czym jest powłoka i dlaczego właśnie warto korzystać z powłoki bash

    • praca na plikach i katalogach: cd, mkdir, cp, mv, rm

    • strumień standardowego wyjścia i strumień błędów; kierowanie wyników do pliku (przekierowanie)

    • łączenie komend w strumienie (ang. pipes)

    • przetwarzanie plików tekstowych: less, tr, cat

      • wycinanie linii: grep, tail, head,

      • wycinanie i sklejanie kolumn: cut, paste, awk

    • proste obliczenia programem awk:

      • proste obliczenia na kolumnach danych: suma z kolumn w wierszu, suma z kolumny itp
  • Programowanie w bash-u: instrukcja for

Przykładowe problemy do rozwiązania:

  • załóż katalogi o strukturze jak poniżej:

  • dany jest plik zawierający 200 linijek; rozdziel go na 5 plików zawierających każdy kolejne 40 linii

  • dany jest długi plik tekstowy (np. powieść); policz, które wyrazy powtarzają się najczęściej

  • dany jest plik w formacie PDB (zawiera położenia atomów struktury białka). Policz, ile jest w tym pliku:

    • atomów węgli alfa
    • reszt alaniny albo lizyny
  • dany jest plik długi tekstowy (np. powieść); policz, ile wyrazów w tym pliku zawiera literę ‘z’

  • plik ze strukturą białka o kodzie 1BDM dostępny jest w internecie pod adresem: http://www.rcsb.org/pdb/files/1BDM.pdb.gz napisz pętlę która pobierze kilkanaście plików o kodach podanych przez prowadzącego. Rozpakuj pobrane pliki.